日韓歴史家会議
日韓歴史家会議は、「日韓歴史研究促進に関する共同委員会」（1997～99年）の提言を受け、日韓両国の歴史研究者が相互理解を深め、交流と協力の輪を拡げる「交流の場」とすることを目的に、2001年にスタートしました。
会議では、地域や時代を限定せず、あらゆる分野の歴史研究者が一堂に会し、歴史学という大きな枠組みの中で幅広い意見の交換を行います。国際歴史学委員会の日韓両国国内委員会を中心にした組織委員会を設けて運営しています。
国際会議
長い歴史の中で共に歩んできた日韓両国が、これからもさらに協調と相互理解を深めていくためには何が必要か。このような観点から、日韓両国の人文社会分野の専門家が集い会議を開催しています。
当基金では「日韓歴史家会議」「日韓歴史共同研究委員会」「日韓新時代共同研究プロジェクト」「日韓文化交流会議」などの事務局を担ってきました。
日韓歴史共同研究委員会
日韓関係史につき調査・研究を行うため、日韓双方の学者・専門家によって構成された共同研究委員会です。
2001（平成13）年10月の日韓首脳会談における合意に基づいて 2002（平成14）年5月に第1期の委員会が発足し、古代史、中近世史、近現代史の3つの分科会にわかれて共同研究を進め、2005（平成17）年6月に報告書を公開しました。
さらに、2007（平成19）年6月に第2期の委員会が発足し、第1期と同様に古代史、中近世史、近現代史の3分科会に加え、教科書小グループを新しく設置して共同研究を進め、2010（平成22）年3月に報告書を公開しました。
日韓新時代共同研究プロジェクト
2008（平成20）年4月の日韓首脳会談での合意を受け、「日韓新時代共同研究プロジェクト」が2009年2月に発足しました。
「国際社会に共に貢献する日韓関係」をテーマに、「国際政治」、「国際経済」、「現在及びこれからの日韓関係」の3つの分科委員会に分かれて約1年半の共同研究を行い、2010（平成22）年10月22日に両国政府へ報告書を提出しました。
さらに、2011（平成23）年10月の日韓首脳会談での合意を受け、「第2期日韓新時代共同研究プロジェクト」が同年12月に発足しました。
第2期では、国際社会に共に貢献していく日韓関係を念頭に、国際政治・経済分野を含む多様な分野の日韓両国の専門家が今後の協力のあり方について研究し、2013（平成25）年12月24日に両国政府へ報告書を提出しました。
日韓文化交流会議
日韓文化交流会議は、日韓両国間の国民・文化交流を幅広く推進させることを目的とし、両国の有識者が文化・学術交流の促進について協議・提言を行っていく場として1999年6月に発足しました。
第1期（1999年6月～2002年10月）、第2期（2004年6月～2007年9月）を経て、2010年3月に第3期会議が立ち上がり、(1)日韓間の文化・学術交流の現状を評価し、(2)「参加する」文化交流の重要性を確認した上で、(3)そのような文化交流、国民レベルの交流を一層強化するための方策、そのために政府、地方公共団体及び民間団体が果たし得る役割等について議論を進めてきました。